有机加工应配备专用设备，如果必须与非有机产品共用加工设备（即平行生产）。据我国国家标准GB/T19630.2-2011条款4.2.2.2“应采取必要措施，防止有机产品与非有机产品混合或被禁用物质污染。”之要求，应在非有机产品加工结束后必须进行彻底清洗，并不得有清洗剂残留。必要情况也可在有机转换或非有机产品加工结束、有机产品加工开始前，先用足量有机原料进行加工将残存在设备里的前期加工物质清理出去(即冲顶加工)。冲顶加工的产品不能作为有机产品销售。冲顶加工应保留《冲顶记录》。